外媒:科学家恢复被删除的早期新冠病毒基因序列(图)

纽约时报/美国之音 0



2020年1月,武汉大学中南医院的医生为一名新冠病毒患者提供治疗。 XIONG QI/XINHUA, VIA ASSOCIATED PRESS

大约一年前,来自武汉新冠早期病例的200多个病毒样本的基因序列从一个在线科学数据库中消失了。

现在,西雅图的一位研究人员报告说,通过对存储在谷歌云上的文件进行分析,他已经恢复了其中的13个原始序列——这是一个有趣的新信息,可以用来识别病毒可能是何时,以及如何从蝙蝠或其他动物传播到人类的。

周二发布的新分析支持了早些时候的说法,即在2019年12月与生鲜市场有关的最初疫情暴发之前,多种冠状病毒可能已经在武汉传播开来。

目前拜登政府正在调查这种名为SARS-CoV-2的病毒的有争议来源。这项研究既没有加强,也没有否定病原体是从武汉一家著名实验室泄露出来的假设。但它确实提出了一个问题,那就是原始序列为何被删除,并表明可能有更多信息可以从互联网的偏远角落恢复。

没有参与这项研究的亚利桑那大学(University of Arizona)进化生物学家迈克尔·伍罗贝(Michael Worobey)说:“这无疑是一项伟大的侦查工作,它大大推进了了解SARS-CoV-2起源的努力。”

撰写这份新报告的弗雷德·哈钦森癌症研究中心(Fred Hutchinson Cancer Research Center)的病毒学家杰斯·布鲁姆(Jesse Bloom)称,这些序列被删除是可疑的。他在文中写道,“删除这些序列似乎是为了掩盖它们的存在,”该论文尚未经过同行评审或发表在科学期刊上。

布鲁姆和伍罗贝属于一个直言不讳的科学家团体,他们呼吁对大流行如何开始进行更多研究。在5月发表的一封信中,他们抱怨说,没有足够的信息来确定新冠病毒的传播是由于实验室泄漏,还是由于与实验室外的受感染动物接触,从而传到人类身上。

病毒样本的基因序列提供了关于SARS-CoV-2如何从另一种动物(很可能是蝙蝠)转移到我们这个物种的关键线索。最宝贵的是大流行早期的序列,因为它们让科学家更接近最初的溢出事件。

布鲁姆在审查各个研究小组公布的基因数据时,看到了2020年3月的一项研究,其中包含武汉大学科学家收集的241个基因序列的信息。电子表格显示,科学家们已经将这些序列上传到一个名为“序列读取档案”(Sequence Read Archive)的在线数据库中,该数据库由美国政府的国家医学图书馆(National Library of Medicine)管理。

但当布鲁姆本月早些时候在数据库中查找武汉的基因序列时,他得到的唯一结果是“项目未找到”。

他很困惑,回到电子表格中寻找更多的线索。它显示,这241个序列是由武汉人民医院一位名叫傅爱思(音)的科学家收集的。通过搜索医学文献,布鲁姆最终发现了傅爱思及其同事于2020年3月在网上发布的另一项研究,该研究描述了一种针对SARS-CoV-2的新实验测试。三个月后,中国科学家在一份科学杂志上发表了这篇文章。

在这项研究中,科学家们写道,他们观察了45份鼻拭子样本,这些样本取自“疑似Covid-19流行初期的门诊患者”。然后他们在棉签中寻找部分SARS-CoV-2的遗传物质。研究人员没有公布他们从样本中找到的基因的实际序列,只公布了一些病毒的突变。

但是一些线索向布鲁姆表明,这些样本是241个丢失序列的来源。这些论文没有解释为什么这些序列被上传到序列读取档案后又消失了。

通过仔细研究档案,布鲁姆发现很多序列都以文件的形式存储在谷歌云上。他报告说,每个序列都包含在云中的一个文件内,文件的名称都有相同的基本格式。

布鲁姆将武汉的一个遗失序列的编码换了进去。突然,他得到了序列。他总共用这种方法从云中恢复了13个序列。

有了这些新数据,布鲁姆再次回顾了大流行的早期阶段。他将这13个序列与其他已发表的早期冠状病毒序列结合,希望在构建SARS-CoV-2病毒族谱方面取得进展。

弄清SARS-CoV-2从蝙蝠病毒演化而来的所有步骤一直是一个挑战,因为科学家需要研究的样本数量仍然有限。一些最早的样本来自2019年12月暴发疫情的武汉华南海鲜批发市场。

但这些市场上的病毒实际上有三种额外的突变,而这些突变在几周后收集的SARS-CoV-2样本中是缺失的。换句话说,这些后来的病毒看起来更像在蝙蝠身上发现的冠状病毒,这支持了这种病毒的一些早期谱系没有经过海鲜市场的观点。

布鲁姆发现,他从云中恢复的被删除序列也没有这些额外的突变。“它们与蝙蝠冠状病毒的相似度比华南海鲜市场的病毒高三倍,”布鲁姆说。



2020年1月,武汉华南海鲜市场。 DAKE KANG/ASSOCIATED PRESS

他说,这表明当SARS-CoV-2进入市场时,它已经在武汉或其他地方传播了一段时间。他认为,市场的病毒并不代表2019年底已经传播开来的冠状病毒的全部多样性。

他说:“也许我们根据测序得出的情况和武汉早期存在的情况可能有些偏差。”

布鲁姆在他的报告中承认,必须通过对病毒序列的更深入分析来证实这一结论。沃罗比说,他和他的同事正在对SARS-CoV-2基因进行大规模研究,以更好地了解其起源,他们现在将添加布鲁姆恢复的13个病毒序列。

“这些额外的数据将在这项工作中发挥重要作用,”沃罗比说。

目前尚不清楚一开始为什么这些宝贵的信息丢失了。科学家可以通过向序列读取档案的管理员发送电子邮件来请求删除文件。管理该档案的国家医学图书馆表示,这13个序列是在去年夏天删除的。

“这些SARS-CoV-2序列于2020年3月提交给SRA发表,随后在2020年6月被提交它的调查人员要求撤回,”美国国立卫生研究院发言人雷纳特·迈尔斯(Renate Myles)说。

她说,调查员——她未透露其姓名——告诉档案管理员,序列正在更新,并将被添加到另一个数据库中。但是布鲁姆已经搜索了他知道的每一个数据库,都没有找到。“显然,我不能排除这些序列在某个其他数据库或网页上的某个地方,但我无法在我该找的地方找到它们,”他说。

得出13个序列的该2020年实验研究的合著者中,有三人没有立即回复就布鲁姆的发现发出的询问电邮。该研究没有提供另一位合著者傅爱思的联系信息,他的名字也出现在另一项研究的电子表格中。

一些科学家觉得,删除这些序列不见得就等于背后有什么不可告人的事。犹他大学(University of Utah)病毒学家斯蒂芬·戈德斯坦(Stephen Goldstein)说:“我不太明白这怎么就意味着掩盖了。”

戈德斯坦指出,实验研究列出了武汉研究人员在其中发现的个体突变。他说,虽然完整的序列不再在档案中,但关键信息已经公开了一年多。它只是被塞在一种研究人员难以找到的格式中。

“我们都错过了这篇相对不为人知的论文,”戈德斯坦说。

“你真的说不好为什么它们会被删除,”布鲁姆在接受采访时承认。“你可以说移除它们的实际后果是人们没有注意到它们的存在。”他还指出,中国政府下令销毁一些早期病毒样本,并禁止未经批准发表有关冠状病毒的论文。

而对沃罗比来说,他仍然想要答案。“我希望我们听到那些生成但随后删除这些关键序列的作者的意见,以便我们能够更多地了解他们这样做的动机,”他说。“从表面上看,这确实很奇怪,确实需要一个解释。”

不管这13个序列下落如何,布鲁姆现在想知道在网上还能发现什么样的线索。为了重建Covid-19的起源,所有这些线索可能都很重要。

“理想情况下,我们需要尝试找到尽可能多的其他早期序列,”他说。“而且我认为这项研究表明我们应该所有地方都看看。”


美众院将召开新冠溯源听证 聚焦武汉病毒所和中国解放军




美国国会众议院共和党领袖2021年6月23日在国会山召开记者会,呼吁在新冠病毒溯源问题上问责中国。(美国之音记者李逸华拍摄)


国会山 — 美国国会要求针对新冠病毒展开溯源调查的呼声日益增高。一组由多位众议院共和党人组成的特别委员会预计下周召开听证会,将就新冠病毒大流行起源的各种理论和说法邀请专家作证。此外,有共和党领袖称已将溯源追查重点聚焦武汉病毒所和中国解放军。


众议院共和党领袖麦卡锡(House Minority Leader Kevin McCarthy, R-CA)周三(6月23日)率领党内领导层成员举行记者会,呼吁国会两党共同采取行动,在新冠疫情的问题上向北京问责。

来自加州的麦卡锡指出,截至6月,新冠疫情导致60多万美国人死亡,全球死亡人数高达380万人。麦卡锡说,“我们需要为美国人民提供一条道路,让美国人能为其亲人失去的生命直接要求中国政府负责,那些生命是因为中国的谎言而丧生的。”

“我们要限制签证,是的,我们还要施加制裁,这样他们才会为其所为感到痛苦,”麦卡锡在记者会上说。

麦卡锡周一致函众议院共和党人,提出了一个由“八个支柱”组成的计划,目的为在新冠疫情的真相掩盖和溯源问题上向北京究责,其中内容包括对参与掩盖疫情的相关人员施加制裁。

这八大支柱分别包括:解密与新冠起源有关的情报;禁止在中国或与中国进行功能增益研究;禁止国立卫生研究院(NIH)向中国、俄罗斯、伊朗和朝鲜这些恶意外国政府提供资金;对世界卫生组织进行改革并对美国的医学研究机构进行反间谍调查,以确定中、俄、伊朗和朝鲜政府对这些机构渗透的程度;继续对新冠病毒起源进行调查;对那些在中国且与中共、世卫组织或其他国际组织有关联的故意参与掩盖新冠疫情的人实施经济制裁与签证和入境限制;放弃中国的主权豁免,使美国的受害者可以向中共进行索赔;把2022年冬奥会的主办地点从北京移师他地。


众议院多数党党鞭斯卡利斯(House Minority Whip Steve Scalise, R-LA)在记者会上发言呼吁,“国会必须深入全面调查新冠病毒的起源”。

斯卡利斯说,过去几个月有愈来愈多证据浮上台面,显示病毒的起源很有可能来自武汉的实验室,共和党人不会再继续无所作为。

他接着说,“众议院共和党人不会对此好整以暇地坐着等待,我们将持续要求众议院议长佩洛西(House Speaker Nancy Pelosi, D-CA)在辖责所属的委员会召开正式听证会。”

“同时,我们宣布成立一个新冠病毒特别小组委员会,共和党人将在下周就新冠病毒起源召开听证会,”斯卡利斯说,“我们已经邀请了几位顶尖的科学家作证,有些已经答应出席,我希望最终全部都能来。我们还将邀请曾针对不同层面的病毒起源进行调查的同僚出席作证。”

据美国之音了解,这个新冠病毒特别小组委员会由众议院共和党人发起和组成。有关新冠溯源的听证会将于下周二(6月29日)举行。该小组委员会幕僚向美国之音透露,众议院外交事务委员会首席共和党议员麦考尔众议员(Rep. Michael McCaul, R-TX)将出席作证。

共和党联邦众议员麦考尔2021年6月23日在国会山召开的记者会上发言,呼吁就新冠问题问责中共。 (美国之音记者李逸华拍摄)

同时作为众议院中国工作组主席的麦考尔在周三的记者会上称,这个世界需要知道真相。“正如我们所说,我们需要让中国为此承担责任,如果我们不这么做,谁会呢?”麦考尔议员说。

由麦考尔所领导的众议院中国工作组去年9月底曾公布一份新冠溯源报告,内容提到病毒源自于武汉实验室的可能性。

“在这份报告里,我们提出了病毒来自于武汉一个四级生物验室的可能性。把这些点都连接起来,不难吧?从那时候起,我估计它可能是从实验室里流出来的,因为愈来愈多的证据不断出现,”麦考尔在记者会上说。

麦考尔在接受美国之音采访时进一步强调,武汉实验室和中国人民解放军之间的关系将是他最关注的议题。

“我们调查的要素之一就是人民解放军在实验室的存在,为什么军队从2017年就出现在那里?还有,他们在实验室里做什么?他们是否有违反生化战训练的规定?这些都是非常严重的问题,如果习主席不公开实验室配合调查,我担心我们永远都不知道答案,”麦考尔说。

麦考尔还指出,各界后来发现,武汉实验室有针对新冠病毒进行基因操纵的病毒研究,即所谓的“功能增益”(gain of function)的研究。麦考尔质疑,为什么中国隐瞒了世界那么多的未解之谜。

不过,麦考尔并未说明他是否相信病毒只是一般实验室意外泄露,抑或是和中国的生化实验有关。

周三记者会上,共和党领导层一方面呼吁以佩洛西为首的国会民主党人加入病毒溯源工作的调查,但同时也严厉批评民主党人拒绝在这个问题上展开两党合作。

麦卡锡在记者会上质问,“为什么佩洛西议长要帮中国掩盖他们在新冠病毒起源问题上的角色?特别是日子一天天过去,这让各界愈来愈难取得所有可取得的事实。我们知道有些美国科学家有和那间(武汉)实验室有往来,我们一起争取那些资料,我们一起将事实公诸于世,我们一起让事情变透明,所以我们最终才能问责。”

民主党全国委员会发言人贝尔(Andonna Biel)在麦卡锡召开记者会后发表书面声明强硬回击共和党人的批评和呼声,并将批评矛头指向前任总统特朗普。

“当特朗普对中国在新冠病毒处理不善的做法视而不见,甚至对他们的‘努力和透明’进行称赞时,众议院共和党领袖默不作声,”贝尔在声明中说,“美国人民要感谢拜登总统和民主党人带我们度过了这场大流行病,提供了数以亿计的疫苗,并重建经济。”

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文章来源: 留园 查看原文
https://www.6parknews.com/newspark/view.php?app=news&act=view&nid=491132
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