北京新发地病毒毒株与欧洲有关?依据是什么?(组图)
◎科技日报记者 李丽云
始发于新发地的这轮北京疫情牵动人心。
6月26日，中国疾病预防控制中心公布“6月北京新型冠状病毒肺炎疫情进展”，这份疫情专报在病毒来源分析中指出，从2例男性病例和北京新发地批发市场环境采集的标本中获得的3株病毒基因分析显示，北京本次疫情流行的新冠病毒为L基因型欧洲家系分支Ⅰ，该毒株比当前欧洲流行同型毒株更“老”；可以排除由动物病毒外溢传染人，也排除今年4月前北京本地传播毒株或武汉流行毒株导致本次疫情。
疫情在新发地批发市场的传染模式，推测主要为人与人之间直接接触传播或经物品表面污染的间接接触传播。
这份疫情专报对北京本轮疫情趋势研判认为：在北京已经加强监测和强力扩大社交距离的防控措施下，疫情进一步传播风险低。北京疫情近期有望得到控制。
判断为欧洲输入依据是什么？
关键标本来自哪里？
专报中说，北京本次流行的毒株比当前欧洲流行同型毒株更“老”，这意味着什么？依据什么判断新发地毒株为欧洲输入来源？
6月27日，科技日报记者采访了中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所党委书记、中国疾病预防控制中心生物安全首席专家武桂珍研究员。
通过系统进化树、亚型分析和特定位点分析，都支持北京新发地关联毒株属于同一个近缘病毒亚型，位点6026和28881-28883变异为北京新发地毒株的标志性变异组合。变异位点6026出现频率特别低，该变异疑似于3月初在欧洲形成，但未见大规模传播（也可能是未被测序），属于非主流传播病毒株；28881-28883位点变异为境外输入型毒株的标志性突变，首先报告于英国，随后流行于欧美地区，在我国本土病例中罕见。“综上所述，判断北京新发地毒株为欧洲输入来源。”武桂珍说。
通过对含有特异性位点的样本采集时间进行回溯，同时带有这些特征性变异位点的毒株最早于2020年3月发现于境外输入病例的样本中，此后多发现于3月至4月期间流行的毒株，因此判断该毒株至少在2020年3月前产生。因此说，新发地流行病毒，比现在欧洲流行病毒要“老”。
“这其中涉及好几种可能性。”病毒有可能会在新发地批发市场等阴暗潮湿的环境潜伏下来，导致进化速度变慢，在适宜的时机再次感染人，由感染新冠病毒的患者或阳性感染者的排泄物污染海鲜市场环境间接感染导致的暴发疫情；另外，病毒可能潜伏在进口的冷冻食品当中，未拆包装的冷冻生鲜产品在境外被新冠病毒感染者偶然污染，在从境外到境内的整个存储、运输期间，病毒由于被冷冻没有发生进化，所以它不会发生变异。“最终我们看到的就是这些毒株更接近于流行于欧洲的老病毒。”
“精准”捉元凶背后是
高科技监测和朔源体系
“在新冠病毒的病原体鉴定和溯源中，基于新冠病毒全基因组的分子分型方法发挥了重要作用。”武桂珍说。
生物安全攸关民众健康、社会安定和国家战略安全。传染病病原体基因组序列是事关国家生物安全的重要战略资源。中国疾病预防控制中心病毒病所张勇研究员介绍，在国家科技重大专项的资助下，病毒病所正在牵头在全国筹建基于病毒全基因组的病毒网络化监测和溯源技术体系，以应对病毒溯源这个关系到国家安全的病毒病预防控制的重大问题。
当前，随着基因组学技术和生物信息学以及大数据管理技术的迅速发展，新一代的基因组测序技术可以对标本中致病微生物实现更加详细的分析，通过生物信息学分析和大型服务器的高速运算对海量全基因组序列数据进行加工整理，可以准确进行病毒的溯源，洞悉病原体进化的过程，发现其毒力和致病因子、耐药基因，从而把握病原体致病和耐药机制，为病毒病“精准防控”提供理论依据。
病原体基因组学领域保持着持续较快发展的态势，各种分子技术正在被整合进入病毒性传染病的诊断和预防控制之中。将基因组技术与生物信息学和流行病学有机整合起来，改善了传染病的公共卫生监测、研究和控制，同时也在全球范围内发挥越来越大的作用。例如，2003年SARS病毒的溯源分析，2011年中国新疆输入性脊灰野病毒传播的溯源分析中，在2014-2016年西非地区埃博拉病毒流行病传播的溯源中，都得到了广泛应用。
在国家科技重大专项资助下，病毒病所牵头建立了一整套基于新冠病毒基因组分型与聚集分析算法等的监测、溯源技术体系，可用于病毒性传染病的预警预测，应用部门包括我国各级疾病预防控制中心，以及科研、医院等系统，将极大地提高我国本土病毒性传染病预防控制能力，为我国重大传染病的防控和生物安全体系建设发挥重要作用。
转战半个中国的抗疫英雄团队
在北京家门口再出征
自2019年12月31日凌晨接到任务开始，中国疾病预防控制中心病毒病所科研团队跨越半个中国，从湖北武汉到黑龙江绥芬河、牡丹江、哈尔滨，再到吉林舒兰，这支科研队伍，持续奋战数月，冲锋在这场抗疫战争的最前沿。每到一地，他们都快速建起移动生物安全实验室，快速进入战斗状态。
北京新发地疫情暴发后，武桂珍研究员带领团队在家门口再次出征，他们快速组成新型冠状病毒感染溯源工作组，第一时间紧急来到新发地农产品批发市场，在市场内部进行溯源调查和采集样本，6月14至15日，两天时间就采集了近千份样本并立即进行新型冠状病毒核酸检测。
据专报公布，疫情发生后，北京市迅速扩增实验室检测能力，7000多名工作人员轮班上岗，2000多个采样点位全负荷运行。截至2020年6月22日，北京市具备核酸检测能力的机构已达128所。同时，国家卫生健康委协调全国12个省20支核酸检测队支援北京，调配移动P3实验室，动员增加实验室建设，同时协调天津、河北分担北京部分检测任务，为北京应检尽检提供了重要的支撑。
来源：科技日报 文中图片由受访者提供
编辑：刘义阳
审核：管晶晶
终审：冷文生
◎科技日报记者 李丽云
始发于新发地的这轮北京疫情牵动人心。
6月26日，中国疾病预防控制中心公布“6月北京新型冠状病毒肺炎疫情进展”，这份疫情专报在病毒来源分析中指出，从2例男性病例和北京新发地批发市场环境采集的标本中获得的3株病毒基因分析显示，北京本次疫情流行的新冠病毒为L基因型欧洲家系分支Ⅰ，该毒株比当前欧洲流行同型毒株更“老”；可以排除由动物病毒外溢传染人，也排除今年4月前北京本地传播毒株或武汉流行毒株导致本次疫情。
疫情在新发地批发市场的传染模式，推测主要为人与人之间直接接触传播或经物品表面污染的间接接触传播。
这份疫情专报对北京本轮疫情趋势研判认为：在北京已经加强监测和强力扩大社交距离的防控措施下，疫情进一步传播风险低。北京疫情近期有望得到控制。
判断为欧洲输入依据是什么？
关键标本来自哪里？
专报中说，北京本次流行的毒株比当前欧洲流行同型毒株更“老”，这意味着什么？依据什么判断新发地毒株为欧洲输入来源？
6月27日，科技日报记者采访了中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所党委书记、中国疾病预防控制中心生物安全首席专家武桂珍研究员。
通过系统进化树、亚型分析和特定位点分析，都支持北京新发地关联毒株属于同一个近缘病毒亚型，位点6026和28881-28883变异为北京新发地毒株的标志性变异组合。变异位点6026出现频率特别低，该变异疑似于3月初在欧洲形成，但未见大规模传播（也可能是未被测序），属于非主流传播病毒株；28881-28883位点变异为境外输入型毒株的标志性突变，首先报告于英国，随后流行于欧美地区，在我国本土病例中罕见。“综上所述，判断北京新发地毒株为欧洲输入来源。”武桂珍说。
通过对含有特异性位点的样本采集时间进行回溯，同时带有这些特征性变异位点的毒株最早于2020年3月发现于境外输入病例的样本中，此后多发现于3月至4月期间流行的毒株，因此判断该毒株至少在2020年3月前产生。因此说，新发地流行病毒，比现在欧洲流行病毒要“老”。
“这其中涉及好几种可能性。”病毒有可能会在新发地批发市场等阴暗潮湿的环境潜伏下来，导致进化速度变慢，在适宜的时机再次感染人，由感染新冠病毒的患者或阳性感染者的排泄物污染海鲜市场环境间接感染导致的暴发疫情；另外，病毒可能潜伏在进口的冷冻食品当中，未拆包装的冷冻生鲜产品在境外被新冠病毒感染者偶然污染，在从境外到境内的整个存储、运输期间，病毒由于被冷冻没有发生进化，所以它不会发生变异。“最终我们看到的就是这些毒株更接近于流行于欧洲的老病毒。”
“精准”捉元凶背后是
高科技监测和朔源体系
“在新冠病毒的病原体鉴定和溯源中，基于新冠病毒全基因组的分子分型方法发挥了重要作用。”武桂珍说。
生物安全攸关民众健康、社会安定和国家战略安全。传染病病原体基因组序列是事关国家生物安全的重要战略资源。中国疾病预防控制中心病毒病所张勇研究员介绍，在国家科技重大专项的资助下，病毒病所正在牵头在全国筹建基于病毒全基因组的病毒网络化监测和溯源技术体系，以应对病毒溯源这个关系到国家安全的病毒病预防控制的重大问题。
当前，随着基因组学技术和生物信息学以及大数据管理技术的迅速发展，新一代的基因组测序技术可以对标本中致病微生物实现更加详细的分析，通过生物信息学分析和大型服务器的高速运算对海量全基因组序列数据进行加工整理，可以准确进行病毒的溯源，洞悉病原体进化的过程，发现其毒力和致病因子、耐药基因，从而把握病原体致病和耐药机制，为病毒病“精准防控”提供理论依据。
病原体基因组学领域保持着持续较快发展的态势，各种分子技术正在被整合进入病毒性传染病的诊断和预防控制之中。将基因组技术与生物信息学和流行病学有机整合起来，改善了传染病的公共卫生监测、研究和控制，同时也在全球范围内发挥越来越大的作用。例如，2003年SARS病毒的溯源分析，2011年中国新疆输入性脊灰野病毒传播的溯源分析中，在2014-2016年西非地区埃博拉病毒流行病传播的溯源中，都得到了广泛应用。
在国家科技重大专项资助下，病毒病所牵头建立了一整套基于新冠病毒基因组分型与聚集分析算法等的监测、溯源技术体系，可用于病毒性传染病的预警预测，应用部门包括我国各级疾病预防控制中心，以及科研、医院等系统，将极大地提高我国本土病毒性传染病预防控制能力，为我国重大传染病的防控和生物安全体系建设发挥重要作用。
转战半个中国的抗疫英雄团队
在北京家门口再出征
自2019年12月31日凌晨接到任务开始，中国疾病预防控制中心病毒病所科研团队跨越半个中国，从湖北武汉到黑龙江绥芬河、牡丹江、哈尔滨，再到吉林舒兰，这支科研队伍，持续奋战数月，冲锋在这场抗疫战争的最前沿。每到一地，他们都快速建起移动生物安全实验室，快速进入战斗状态。
北京新发地疫情暴发后，武桂珍研究员带领团队在家门口再次出征，他们快速组成新型冠状病毒感染溯源工作组，第一时间紧急来到新发地农产品批发市场，在市场内部进行溯源调查和采集样本，6月14至15日，两天时间就采集了近千份样本并立即进行新型冠状病毒核酸检测。
据专报公布，疫情发生后，北京市迅速扩增实验室检测能力，7000多名工作人员轮班上岗，2000多个采样点位全负荷运行。截至2020年6月22日，北京市具备核酸检测能力的机构已达128所。同时，国家卫生健康委协调全国12个省20支核酸检测队支援北京，调配移动P3实验室，动员增加实验室建设，同时协调天津、河北分担北京部分检测任务，为北京应检尽检提供了重要的支撑。
新冠病毒再溯源 媒体：多国疫情时间点或大幅提前
据香港《大公报》28日报道，随着全球对新冠肺炎疫情研究的不断深入，多个国家的疫情发展时间线被改写，出现确诊病例或疫情本地传播的时间点或被大幅前推。
△《大公报》：多国疫情时间线大幅提前
日本：2019年初献血血液中测出新冠病毒抗体
报道称，5月15日，日本厚生劳动大臣加藤胜信表示，日本红十字会在去年年初的500份血样中，检测到两份样本新冠病毒抗体呈阳性，这意味感染比例是0.4%。这些样本是在关东甲越信地区的献血血液中抽取的。而日本官方今年1月16日公布国内首宗确诊个案，一名住在神奈川县的中国籍男性从武汉回日本后确诊。2月13日，神奈川县出现全国首宗死亡个案。
西班牙：2019年3月废水中验出新冠病毒
报道指出，西班牙病毒学家6月26日在2019年3月的废水样本中发现新冠病毒，比中国报告第一例新冠肺炎病例要早了9个月。研究人员一开始是在今年1月15日采集到的巴塞罗那废水样本中发现病毒，接着检验2018年1月至2019年12月间采集到的样本，在2019年3月12日样本中发现病毒基因组。西班牙官方通报的国内首宗病例是今年1月31日在戈梅拉岛确诊的一名德国游客。
美国：2019年11月新泽西州一市长感染
报道指出，美国新泽西州埃塞克斯县贝尔维尔市市长梅尔哈姆5月初表示，他4月下旬的新冠病毒抗体检测结果呈阳性，他相信自己是去年11月感染新冠病毒的。当时医生诊断他得了流感，梅尔哈姆没有接受流感测试，没有出国旅行史。加州圣克拉拉县4月下旬公布的检测报告显示，早在2月6日当地就有人死于新冠肺炎，这表明新冠病毒早在1月甚至更早就已经开始在加州传播。今年1月21日，华盛顿州报告了全美首例确诊个案，患者不久前曾去武汉旅行。
法国：2019年11月中有疑似病例入院治疗
报道还称，法国科尔马市的阿尔贝·施魏策尔医院5月7日发表公报说，医院对去年11月1日至今年4月30日期间该院完成的2456张胸部图像进行了复查。结果显示，在该院患者中，最早的疑似感染病例可追溯到去年的11月16日。法国卫生部1月24日宣布确诊3例新冠肺炎感染病例，也是欧洲首次报告新冠确诊病例。
意大利：2019年12月污水中测出新冠病毒
报道还指出，意大利高等卫生研究院6月18日报告，研究人员在意北部城市米兰和都灵去年12月18日采集的污水样本中检测出新冠病毒。研究院说，这项研究显示了与法国和西班牙“相一致的信息”。意大利首宗确诊个案于今年1月31日在罗马出现，之后意大利立即对中国封关。但2月下旬意北部疫情突然急速扩散，并出现该国首名死亡病例。目前当局尚不明确病毒的传播路径。
英国科研团队：2019年年底病毒或已开始传播
此前，英国伦敦大学学院等机构的研究团队分析了来自全球新冠病毒感染者的超过7500个病毒基因组数据，认为这些新冠病毒的同一祖先来自2019年年底，这可能是新冠病毒从自然界跳跃到人类宿主的时间，即新冠病毒或于去年年底已在全球广泛传播。
对于病毒来源问题，英国剑桥大学彼得·福斯特博士也给出了自己的看法：目前仍无法就病毒来源给出一个明确答案，不过，他们研究中发现的证据显示，新冠病毒最初感染人类的时间大致在2019年9月13日至12月7日这个区间。
新冠肺炎疫情暴发以来，越来越多的科学家展开了病毒溯源工作，在世界卫生组织的协调下，各国有责任、有义务携手展开病毒溯源工作。尽管病毒溯源是异常艰难的，现在下结论也为时尚早。逐步公布出来的最新溯源信息，值得各国关注、思考，并展开充分协作。
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